El paso de Julio César Falcioni por Boca dejó un sabor agridulce en todos los hinchas, incluso el mismo entrenador no quedó del todo satisfecho. Tuvo una mala relación con Juan Román Riquelme y sumado a la derrota en la final de la Libertadores 2012 ante Corinthians detonó el futuro del DT en el club: "Hubo un montón de situaciones que no dejaron tener una noche en paz y tranquila, no fue normal para jugar una final de Copa Libertadores", manifestó en ESPN. 

Esa final de Copa hubo muchas situaciones en lo previo. Con lo de Facu Roncaglia, quien ya estaba vendido a Fiorentina, que habíamos combinado que iba a jugar y el día anterior ya no concentró y no viajaba. Una reunión de los muchachos en la previa del viaje pidiendo que Facundo viajara. No había sido decisión mía, había sido una decisión institucional, porque el jugador ya no pertenecía más al club

En la previa al partido de vuelta, el ídolo (Riquelme) se reunió con Daniel Angelici y le comunicó que tenía decidido irse a final de temporada y no cumplir con el contrato que aún tenía vigente en el club.

La bomba explotó en el vestuario y dejó a un plantel golpeado antes de una noche decisiva. Consultado sobre si creía que había sufrido un boicot de su propio equipo, Falcioni fue cauto y manifestó: "Tengo códigos. Me lo guardo para mí. Cada uno sabe lo que pasó. No acostumbro a hablar con los jugadores, ni antes ni después".

El quiebre entre el DT y Riquelme era total, quien había arrojado a la prensa: "Hace 8 meses, Falcioni me hizo correr como un boludo acá antes de jugar contra All Boys y yo no dije nada".

Tras 13 años, Falcioni aclaró: "Nunca hicimos correr a ningún jugador como un boludo. Los preparativos para que puedan rendir de la mejor manera. Yo no me peleé con nadie. Tomé decisiones nada más, 'cuando yo no te veía bien, no te ponía'. Así de simple".

Quien fue el DT de Boca en aquella final del 2012, cerró con una fuerte crítica: "Siguió jugando. Cuando estaba bien lo ponía, jugó casi toda esa Copa Libertadores. La Copa Argentina no tanto, y el campeonato que salimos campeones no tanto. Ganamos los dos, la Copa Argentina y el campeonato, las otras no las ganamos, a buen entendedor, pocas palabras".